A Szcientológia Egyház nagy pártolója a felekezetek közötti együttműködésnek a minden vallást érintő ügyekben. A szcientológusok számos vallás képviselőivel dolgoznak együtt, hogy támogassák és előmozdítsák a vallások közötti párbeszédet, a vallásszabadságot, az alkotmányos jogokat és a vallások társadalmi elismertségét.

A szcientológusok aktívan küzdöttek a vallásszabadságért Európában. Franciaországban több ezer szcientológus részvételével megfogalmazták a „Nyilatkozat a vallásszabadságról” című írást, amelyet később az Európa Tanács is elfogadott. Dániában a szcientológusok aktív tagjai a Dán Vallásközi Fórumnak, amely a vallásszabadság szókimondó képviselője egész Skandináviában. Belgiumban a Szcientológia Egyház kulcsszerepet játszott a Vallási Mozgalmak Európai Tanácsának megalapításában, amelynek tagjai saját egyházukat képviselik a vallásszabadságot érintő ügyek tárgyalásánál. A Szcientológia egyházak sok vallásközi konferenciát szerveztek Európában és az Egyesült Államokban, hogy együttműködésre biztassák a vallásokat a vallásszabadság és a tolerancia megvalósításának ügyében.

Oroszországban segítettek megszervezni egy magas szintű kerekasztalbeszélgetés-sorozatot, amelynek néhány ülésére a szövetségi ombudsman irodájával és az Orosz Államtudományi Akadémiával együttműködésben került sor. A World Trade Center 2001. szeptember 11-i katasztrófáját követően az angol Szcientológia Egyház nemzetközi konferenciát rendezett „Az erkölcsi vákuum betöltése” címmel. A hetvenöt résztvevő között vallási vezetők, emberi jogi aktivisták és tudósok is voltak Európából, Ázsiából, Afrikából, az Egyesült Államokból és Kanadából. Los Angelesben és másutt a szcientológus lelkészek részt vesznek a törvényvégrehajtási szervek (például a Sheriff Hivatala és a Los Angeles-i Rendőrség) által szponzorált egyházi tanácsokon. Ezek a tanácsok közösségi rendezvényeket szerveznek, hogy segítsenek a belvárosban élő fiataloknak célt és irányt adni az életben.